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Il primo presidente eletto democraticamente del Burundi è stato assassinato nel mese di ottobre del 1993 dopo soltanto cento giorni di ufficio. Da allora, circa 200.000 cittadini sono morti in una vasta e spesso intensa lotta tra etnie, tra le fazioni del Tutsi e degli Hutu. Centinaia di migliaia sono stati allontanati dalle loro case o sono diventati rifugiati in paesi limitrofi. Le truppe del Burundi, cercando di assicurare le loro frontiere,sono intervenute nel conflitto della Repubblica democratica del Congo nel 1998. Un nuovo governo di transizione, inaugurato il 1 novembre 2001, ha firmato un accordo per ripartirsi il potere con la fazione ribelle più rappresentativa nel dicembre del 2003 ed ha stilato una costituzione provvisoria nell'ottobre 2004. La messa in opera dell'accordo è problematica poichè un gruppo di ribelli rifiuta di firmare. Le elezioni sono state ritardate ripetutamente facendo apparire ancora più lontano il traguardo di pace sostenibile.