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Le Comore hanno vissuto 19 colpi di stato o tentativi di colpi di stato prima di ottenere l'indipendenza dalla Francia nel 1975. Nel 1997 le isole di Anjouan e di Moheli hanno dichiarato la loro indipendenza dalle Comore. In 1999, il capo militare Col. AZALI ha preso il potere con la forza. Si è impegnato per risolvere lo slancio secessionista disponendo l'accordo Fomboni per la creazione di una confederazione. Nel mese di dicembre del 2001 gli elettori hanno approvato una nuova costituzione e si sono tenute le elezioni presidenziali nella primavera del 2002. Ogni isola dell'arcipelago ha eletto un proprio presidente ed un nuovo presidente dell'unione ha giurato fedeltà il 26 maggio 2002.