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Sia gli Stati Uniti che il regno delle Hawai si sono annessi Johnston Atoll nel 1858, ma solo gli Stati Uniti hanno sfruttato i giacimenti di guano fino al 1890 circa. Le isole Johnston e Sand sono state designate come riserve di fauna selvatica nel 1926. La marina degli Stati Uniti ha assunto il controllo dell'atollo nel 1934 passato poi nelle mani dell'aviazione nel 1948. L'atollo è stato usato per i test nucleari negli anni 50 e negli anni 60 e fino al 2000 è stato utilizzato per depositare e smaltire le armi chimiche. La distruzione di tali ordigni è ora completa. La pulizia e la chiusura delle strutture è stata completata nel 2004.