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Quest'isola disabitata è stata rivendicata dagli Stati Uniti nel 1857 per il suo guano. L'estrazione mineraria è cominciata fra il 1865 e il 1898. Il faro, costruito nel 1917, ha smesso di funzionare nel 1996 e la gestione dell'isola di Navassa è stata trasferita dalla Guardia Costiera al Dipartimento degl'Interni. Nel 1998 una spedizione scientifica sull'isola l'ha descritta come riserva unica di biodiversità caraibiche; l'anno seguente è divenuta riserva nazionale di fauna selvatica e le spedizioni scientifiche annuali sono continuate.