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Il regime di SIAD BARRE è stato rovesciato nell'agitazione del gennaio 1991; confusione, combattimenti tra diverse fazioni ed anarchia sono seguite da allora. Nel maggio 1991 i clan nordici hanno formato una Repubblica indipendente del Somaliland che ora include le regioni amministrative di Awdal, di Woqooyi Galbeed, di Togdheer, di Sanaag e di Sool. Anche se non riconosciuta da nessun governo, questa entità ha mantenuto un'esistenza stabile, aiutata dalla forte presenza dominante di un clan di governo e da un'infrastruttura economica lasciata in eredità dai programmi militari britannici, russi ed americani. Le regioni di Bari e Nugaal e il Mudug del nord contengono uno stato auto-dichiaratosi autonomo, il Puntland, che è tale dal 1998, ma non punta all'indipendenza; tale stato ha fatto progressi verso la ricostruzione di un governo legittimo e rappresentativo, ma ha sofferto per alcune dispute civili. Il Puntland è in disputa con la Somaliland per i confini esigendo le parti orientali di Sool e di Sanaag. Nel 1993 è cominciato un programma biennale di aiuto umanitario dell'ONU che è riuscito a diminuire gli stati di carestia, ma al suo ritiro nel 1995, dopo numerose perdite, l'ordine non era ancora stato ristabilito. Il mandato del Governo Nazionale di Transizione (TNG), creato nel mese di agosto del 2000 ad Arta, Djibouti, è terminato ad agosto 2003. Il nuovo presidente somalo Abdullahi YUSUF Ahmed ha formato un nuovo Governo Federale di Transizione (TFG) formato da un parlamento di 275 membri. È stato formato nel mese di ottobre 2004 per sostituire il TNG ma non si è ancora mosso verso Mogadiscio. Le discussioni per quanto riguarda l'istituzione di nuovo governo a Mogadiscio continuano in Kenia. Numerosi signori della guerra e diverse fazioni stanno ancora combattendo per il controllo della capitale così come per le altre regioni del sud. I sospetti di collegamenti della Somalia con il terrorismo globale complicano ancora di più il quadro.